Počátky kozojedské školy nejsou písemně doloženy. Proto se jen můžeme domnívat, že škola existovala (tak ja bývalo ve středověku zvykem) při farním kostele, tj. nejméně od r. 1352. Kostel však byl za husitských válek vypálen a s ním zanikla i škola, pokud existovala.
Farnost byla obnovena r. 1694, existence školy je písemně doložena od r. 1714. Až do r. 1780, kdy byla postavena budova na návsi, byla umístěna v domě čp. 14. V r. 1790 chodilo do školy 50 dětí z 8 vesnic. V r. 1840 chodilo do jednotřídní farní školy v Kozojedech už 186 dětí (vyučoval jen jeden učitel!). Teprve v roce 1883 vzniká trojtřídní škola, to už do ní chodilo přes 200 dětí, koncem století pak více než 250! Potom počet žáků klesá. V období mezi světovými válkami navštěvovalo školu většinou méně než 100 dětí.
V roce 1946 bylo dosaženo toho, oč Kozojedy usilovaly už před válkou – zřízení měšťanské školy. Kozojedy se staly nejmenší obcí s měšťankou na kralovickém okrese. Třídy byly zřízeny v budově původní školy na návsi. Třídy obecné školy (dnes nižšího stupně) byly přestěhovány do budovy fary. V dalších letech, jak rostl počet žáků a tříd, byly obě budovy přestavovány a upravovány. Od roku 1984 slouží škole i mateřské škole nová jídelna.
Po roce 2000 investovala obec jako zřizovatel značné prostředky do rekonstrukce a oprav. V budově bývalé fary byla v druhém poschodí provedena výměna podlahy, elektroinstalace, v celé budově pak rozvodu vody, opravy umýváren a WC. V budově 2.stupně proběhly nákladné asanační práce, renovace sociálního zařízení, výměna akumulačních kamen ve všech třídách. V kotelně jsou nové účinnější poloautomatické kotle. Posledním počinem bylo zateplení budovy 1.stupně (výměna oken). Náklady těchto prací v posledním desetiletí přesáhly 5 milionů Kč.